Этот монастырь был устроен уже за пределами Земляного города, на противоположной стороне реки Кутум, к югу от впадавшей в Кутум речки Луковки. Стоял он на небольшом пригорке близ урочища Красный бугор (СПб. РГИА. - Р. 3. - Д. 245 («Метрика Иоанно-Предтеченского монастыря г. Астрахани»), -1887). Основана эта обитель была при астраханском митрополите Савватии (1683 - 1696 гг.), благодаря его личной инициативе и на его собственные средства (Игумен Аполлос (Беляев). Описание Астраханского Иоанно-Предтеченского мужского заштатного монастыря //Астраханские Епархиальные Ведомости. — 1909. - Приложение. - С. 1). Первые упоминания о монастыре восходят к 1688 году, когда его строитель старец Александр с братией просили митрополита о дозволении выстроить им каменную церковь в честь Святого Пророка и Предтечи Господня Иоанна (Игумен Аполлос (Беляев). Описание Астраханского Иоанно-Предтеченского мужского заштатного монастыря //Астраханские Епархиальные Ведомости. — 1909. - Приложение. - С. 1, 17).
Вероятно, до этого в обители существовал деревянный храм того же имени, так что основание её можно относить к более раннему времени. Строительство соборного каменного храма затянулось надолго из-за вспыхнувшей летом 1692 года страшной чумной эпидемии. После её окончания из всей монастырской братии в живых остались только два иеромонаха, остальные все скончались, в том числе и настоятель - старец Александр (Монастыри: Энциклопедический справочник. - М., 2000. -С. 77). Строительство соборного храма закончено было при третьем настоятеле обители - старце Герасиме и при новом астраханском митрополите Сампсоне, старанием которых он и был освящён 19 октября 1697 года (Игумен Аполлос (Беляев). Описание Астраханского Иоанно-Предтеченского мужского заштатного монастыря //Астраханские Епархиальные Ведомости. - 1909. - Приложение. - С. 1,18). Тогда же была выстроена и каменная двухъярусная монастырская колокольня над святыми вратами при западном входе в обитель (Замечательные памятники древнецерковного зодчества в Астраханской епархии //Астраханские Епархиальные Ведомости. -1913. - № 22. - С. 589). Всё пространство монастыря было обнесено первоначально деревянными стенами, имеющими форму квадрата, а по всем четырём углам были установлены небольшие башенки.
Иоанно-Предтеченский монастырь, вид с юго-западной стороны (нач. XX столетия)
Внутри стен рядом с храмом были построены деревянные настоятельские и братские келий. Иоанно-Предтеченский монастырь или, как он назывался в просторечии, Ивановский, быстро приобрёл значение духовной твердыни, в то же время он имел значение и как важное фортификационное сооружение на астраханских городских рубежах.
Весной 1706 года, когда Астрахань была захвачена мятежными стрельцами, монастырь стал опорой для прибывших из Москвы правительственных войск во главе с фельдмаршалом Шереметьевым. В монастырских стенах делались бойницы для отражения неприятеля. Когда фельдмаршал 12 марта прибыл в обитель, мятежники открыли стрельбу и пошли на штурм монастыря. «Увидя меня, - писал Шереметьев в Москву, - начали к тому монастырю приступать и стрелять из пушек и кинули три бомбы» (Голикова Н.Б. Астраханское восстание 1705 -1706 гг. - М., 1975. - С. 298). Но царские войска отбили штурм. По преданию, когда в Астрахани начался этот стрелецкий «свадебный» бунт, митрополит Сампсон несколько дней скрывался от расправы мятежников в колокольне монастыря (Ключаревская летопись. - Астрахань, 1887. - С. 39). Кроме митрополита, в обители скрывалось немало астраханских именитых людей. Многие из них в благодарность за своё спасение жертвовали в пользу монастыря значительные суммы. Так, известный астраханский откупщик Афанасий Мещеряков, скончавшийся 14 января 1714 года, по духовному своему завещанию пожертвовал в Ивановский монастырь 216 рублей, 2 алтына и 2 деньги - значительная по тем временам сумма. Деньги все эти шли на строительство в обители деревянной церкви в честь Сретения Господня. Храм был тёплый, и в нём служили в зимнее время (Церковное торжество в Иоанно-Предтеченском мужском монастыре //Астраханские Епархиальные Ведомости. - 1909. - № 19. - С. 638).
Иоанно-Предтеченский монастырь, вид с северо-западной стороны (нач. XX столетия)
В 20-х годах XVIII столетия между преемником митрополита Сампсона, епископом Иоакимом и астраханским губернатором Волынским, покровительствовавшим католикам-капуцинам, возник конфликт. Волынский добился перевода епископа из Астрахани и начал преследовать его сторонников. Настоятель монастыря архимандрит Иоасаф был схвачен и заключён в темницу, где Волынский под пытками вымогал у него казну и ценности монастыря. Настоятелю удалось спастись бегством. Пытаясь скрыть следы своих бесчинств, Волынский добился закрытия Иоанно-Предтеченского монастыря и учреждения в его стенах гарнизонного госпиталя (Монастыри: Энциклопедический справочник. - М., 2000. - С. 77). Произошло это в 1723 году. Братию всю перевели в Спасо-Преображенский монастырь, и в обители не осталось ни одного монаха. Службы же совершал белый священник. Сначала к нему на помощь присылали двух иеромонахов из Спасского монастыря, а потом и вовсе прислали второго белого священника. Только 13 апреля 1727 года после настойчивых требований астраханского епископа Варлаама (Леницкого) монастырь был возвращён в епархиальное ведомство (Игумен Аполлос (Беляев). Описание Астраханского Иоанно-Предтеченского мужского заштатного монастыря //Астраханские Епархиальные Ведомости. -1909. - Приложение. - С. 2). При новом настоятеле монастыря архимандрите Илларионе (будущем епископе Астраханском) здесь с 1727 по 1730 год были выстроены каменная ограда и двухэтажный настоятельский корпус, под которым своеобразно были выведены каменные палатки (Материалы для историко-статистического описания церквей и монастырей Астраханской епархии //Астраханские Епархиальные Ведомости. - 1909. -№1.-С.7). Есть предположение, что при этом настоятеле была выстроена и новая каменная Сретенская церковь. Это предположение покоится на том, что и церковь, и настоятельский корпус были построены в одном архитектурном стиле и соединялись между собою как снаружи, так и под землёю (Здесь была устроена особая крипта со множеством сделанных в стене ниш-склепов).
В 1737 году при архимандрите Аркадии в первом ярусе монастырской колокольни был устроен храм в честь Святого Мученика Иоанна Воина (Игумен Аполлос (Беляев). Описание Астраханского Иоанно-Предтеченского мужского заштатного монастыря //Астраханские Епархиальные Ведомости. - 1909. - Приложение. - С. 8). В 1756 году при архимандрите Аароне стараниями надворного советника Фёдора Львовича Черкесова в монастыре была построена малая каменная церковь в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радостей». В 1780 году исполняющий обязанности строителя Иоанно- Предтеченского монастыря протоиерей Василий Осипов, докладывая астраханскому архиепископу Антонию (Румовскому), что в зимней церкви во имя Сретения Господня богомольцы во время богослужения не помещаются, просил стоящую без дела каменную келейную церковь во имя Богородицы «Всех Скорбящих Радостей», в которой едва помещалось 20 человек, перенести и присоединить к Сретенской в виде придела. 5 мая того же года он получил из Духовной Консистории разрешение. Скорбященская церковь была перенесена и освящена 24 июня 1780 года в честь Рождества Иоанна Предтечи (Игумен Аполлос (Беляев). Описание Астраханского Иоанно-Предтеченского мужского заштатного монастыря //Астраханские Епархиальные Ведомости. - 1909. - Приложение. - С. 7). Вход в новоустроенную церковь был только из Сретенского храма, для чего в южной стене последнего были пробиты две арки. В 1850 году при игумене Аполлосе (Беляеве, будущем епископе Вятском) оба этих храма были капитально отремонтированы с поднятием стен до трёх аршин высоты и перекрыты новым железом (Церковное торжество в Иоанно-Предтеченском мужском монастыре //Астраханские Епархиальные Ведомости. -1909. - № 19. - С. 639). Одна «из палаток-выходов, устроенных под настоятельскими кельями, была превращена в притвор Сретенского храма» (Игумен Аполлос (Беляев). Описание Астраханского Иоанно-Предтеченского мужского заштатного монастыря //Астраханские Епархиальные Ведомости. -1909.-Приложение.-С. 9). Но, несмотря на все перестройки, Сретенский и Рождество-Иоанно-Предтеченский храмы к концу XIX века сильно обветшали. Обследовавшая их в 1895 году специальная комиссия нашла, что в обоих храмах имеются сильные трещины, отчего они угрожают падением. Епархиальным начальством было предписано монастырю эти церкви разобрать, а на их месте выстроить один новый храм, достойный значения городского монастыря. На месте разобранных церквей в том же 1895 году был заложен новый трёхпрестольный храм в честь Сретения Господня с приделами: в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радостей» и в честь Святителя Тихона Воронежского. В1899 году было окончено его строительство и 25 июля того же года освящён Астраханским епископом Сергием (Серафимовым, - 29 августа в Иоанно-Предтеченском монастыре //Астраханские Епархиальные Ведомости. -1905. - № 19. - С. 819). Постройку храма производил подрядчик И.А. Храмов, а стоимость всего здания обошлась монастырю свыше 75 тыс. рублей. Боковые приделы не были сразу освящены, так как из-за несоблюдения некоторых технических требований не были приняты строительной комиссией. Только 13 сентября 1909 года в день воспоминания освящения храма Воскресения в Иерусалиме был освящён правый придел Сретенского храма - в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радостей». Освящал придел настоятель монастыря епископ Арсений (Тимофеев) (Церковное торжество в Иоанно-Предтеченском мужском монастыре //Астраханские Епархиальные Ведомости. - 1909. - № 19. - С. 636 – 640). В следующем году 13 августа был освящён и левый придел в честь Святителя Тихона Задонского. Вместе с разборкой двух древних - Сретенского и Рождество-Иоанно-Предтеченского - храмов в 1895 году в Иоанно-Предтеченском монастыре произошли сильные изменения. Благодаря стараниям игумена Иоасафа были перестроены все деревянные братские келий, шедшие вдоль северной стороны монастыря и построенные ещё при строителе иеромонахе Евгении (1794 -1795, будущем возобновителе Чуркинского монастыря в низовьях Волги, известном астраханском подвижнике и старце). Кельи, как и примыкающая к ним братская трапеза, были построены каменные, как и другие монастырские службы: баня (в северо-восточном углу), погреба, кладовые (тянущиеся вдоль восточной стены), дом для монастырской прислуги (у южной стены) и располагавшиеся рядом каретная с конюшней. Полностью был разобран в 1895 году старый настоятельский дом и в том же году выстроен заново каменный двухэтажный (Игумен Аполлос (Беляев). Описание Астраханского Иоанно-Предтеченского мужского заштатного монастыря //Астраханские Епархиальные Ведомости. - 1909. - Приложение. - С. 9). В верхнем этаже помещались келий для настоятеля, а в нижнем церковно-приходская школа, содержавшаяся на средства монастыря (Монастырские школы //Астраханские Епархиальные Ведомости. - 1906. - № 16. - С. 806).